TERBITNYA Peraturan Presiden (Perpres) Nomor 12 Tahun 2015 tentang Kementerian Desa, Pembangunan Daerah Tertinggal, dan Transmigrasi (Kemdes PDTT), memberikan dampak perubahan nomenklatur Kementerian Pembangunan Daerah Tertinggal (PDT). Kini, Kementerian PDT berubah nama menjadi Kementerian Desa dan PDTT. Menteri Desa PDT Marwan Jafar menyatakan, struktur kementerian yang dipimpinnya mengalami perubahan sesuai nomenklatur baru. Organisasi Kemdes PDTT terdiri Sekretariat Jenderal (Setjen), Inspektorat Jenderal (Itjen), dan Badan Penelitian dan Pengembangan, Pendidikan, dan Pelatihan, dan Informasi.
Enam direktorat, terdiri Direktorat Pembangunan dan Pemberdayaan Masyarakat Desa, Direktorat Pembangunan Kawasan Perdesaan, Direktorat Pembangunan Daerah Tertentu, Direktorat Pembangunan Daerah Tertinggal, Direktorat Penyiapan Kawasan dan Pembangunan Permukiman Transmigrasi, dan Direktorat Pengembangan Kawasan Transmigrasi. Perubahan nomenklatur Kemdes PDTT ini juga mengubah struktur organisasi Kementerian Dalam Negeri (Kemdagri). Direktorat Jenderal Pemberdayaan Masyarakat dan Desa (PMD) yang sebelumnya masuk dalam struktur organisasi Kemdagri, kini melebur ikut Kemdes PDTT. Alhasil, sumber daya manusia (SDM) Ditjen PMD Kemdagri hijrah ke Kemdes PDTT. Kepala Pusat Penerangan Kemdagri Dodi Riatmaji mengatakan, dengan terbitnya Perpres Nomor 12/2015, Kementerian dalam negeri tak punya pilihan lain kecuali menjalankan perpres. Hanya saja, Dodi menyayangkan, peralihan pegawai Ditjen PMD Kemdagri ke Kemdes PDTT tidak diiringi dengan dibukanya rekrutmen Pegawai Negeri Sipil (PNS) di masa kepemimpinan presiden Joko Widodo (Jokowi). Minimal, untuk lima tahun ke depan.